Bei PypeCloud ist alles in Organisationen gegliedert. Eine Organisation kann z. B. ein Unternehmen, eine Abteilung oder eine Gruppe für ein bestimmtes Projekt sein. Es können beliebig viele Mitarbeiter, Auftraggeber, Kunden und weitere Projektbeteiligte zu einer Organisation hinzugefügt werden. Es wird lediglich eine gültige E-Mail-Adresse und Internetverbindung benötigt. Alle Beteiligten können an verschiedenen Projekten der Organisationzusammenarbeiten.